实行中心理事会领导下的中心主任负责制。中心理事会由牵头和主要协同单位共同组成，主要负责制定中心发展战略和规划，实行联席会议制度；选聘首席顾问，组建顾问委员会，负责中心重大任务的咨询工作；设置学术委员会，负责指导中心的科学研究、技术攻关等工作；设置发展咨询委员会，负责创新项目审核、人才培养等工作。

下设智慧旅游数据融合与技术集成研究分中心、旅游资源环境监测与智慧管理研究分中心、旅游市场运行分析与智能服务研究分中心、全域智慧旅游人才培训中心、旅游项目推广分中心、旅游国际合作交流分中心等机构。中心实行主任负责制，具体负责各分中心的日常工作。

协同创新中心组织架构图